M   T   N   I   R   K   T   H   P   L   M   K   I   I   N   N   S   F   I   D   L   P   A   P   S   25
Pagophilus atg acc aac atc cga aaa acc cac cca cta ata aag att atc aac aac tca ttc atc gac cta ccc gca cca tca  75
Phoca      ... ... ... ... ... ... ... ..t ... ... ... ..a ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... a.. ... ...
Cystophora ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..a ... ... ... ... ... ... ..t ... ... ... a.. ... ...
Erignathus ... ... ... ... ... ... ..t ... ... ... ..c ..a ..c ... ... .g. ... ... ... ... ... ... a.. ..g ...

            N   I   S   A   W   W   N   F   G   S   L   L   V   I   C   L   I   L   Q   I   L   T   G   L   F   50
Pagophilus aat atc tca gca tga tga aac ttt gga tcc ctg ctc gta atc tgc tta atc cta cag atc cta aca ggc cta ttc  150
Phoca      ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..t ..t ... .g. ... ... c.. ... ..g ..t ... t.. ... ... t.g ...
Cystophora ..c ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..c ... .g. ... ... ... ... t.. ... ... ... ... ... ... ...
Erignathus ..c ... ... ... ... ... ... ..c ... ... ..c ... .gg ... ... c.t ..t t.. ..a ... ... ... ... ... ...

            L   A   M   H   Y   T   S   D   T   I   T   A   F   S   S   V   T   H   I   C   R   D   V   N   Y   75
Pagophilus ctg gcc ata cat tat acc tca gac aca atc aca gcc ttc tca tca gtg acc cat atc tgt cga gac gta aac tac  225
Phoca      ..a ... ... ..c ..c ... ... ... ... .c. ... ... ... ... ... ..a ... ..c ... ..c ... ... ... ... ...
Cystophora ..a ... ... ... ... ..t ... ... ... .ct ... ... ... ..g ... ..a ..a ..c ... ... ... ... ... ... ...
Erignathus ..a ... ... ... ..c ... ... ..t ... .c. ... ..t ... ... ... ..a ... ... ... ... ... ... ... ..t ..t

            G   W   I   I   R   Y   L   H   A   N   G   A   S   M   F   F   I   C   L   Y   M   H   V   G   R   100
Pagophilus ggc tga atc atc cga tac cta cac gca aat gga gcc tcc ata ttt ttc atc tgc tta tac ata cac gta gga cga  300
Phoca      ... ... ... ... ..t ..t ..t ... ... ... ... ..t ... ... ... ... ... ... c.. ... ..g ..t ... ... ...
Cystophora ... ... ..t ... ... ..t ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... c.g ... ... ... ..g ... ...
Erignathus ... ... ..t ... ... ..t a.. ... ..t ..c ... ..t ..t ... ..c ... ... ... c.. ... ... ..t ... ... ...

            G   L   Y   Y   G   S   Y   T   F   T   E   T   W   N   I   G   I   I   L   L   F   T   V   M   A   125
Pagophilus gga ctc tac tac ggt tcc tac aca ttc aca gaa aca tga aat atc ggc att atc ctc cta ttc acc gtc ata gct  375
Phoca      ... ..g ..t ... ..c ... ... ... ... ... ..g ... ... ..c ... ... ... ... ... t.. ... ... ... ... ..c
Cystophora ... ..g ... ... ..c ... ... ... ..t ... ..g ... ... ... ... ... ... ... ... t.. ..t ..t ... ... ...
Erignathus ... ..a ... ... ..c ..t ..t ... ..t .t. ... ... ... ..c ... ... ... ... ..a ... ... ... ... ... ..c

            T   A   F   M   G   Y   V   L                                                                       133
Pagophilus acg gca ttc atg ggt tac gtc cta cc                                                                   401
Phoca      ..a ... ... ... ..c ... ... ... ..
Cystophora ..a ... ... ... ..c ... ... ... ..
Erignathus ..a ... ... ..a ..c ... ... ... ..

 

401 base pair portion of the mitochondrial cytochrome b gene from four species of phocid seals (Phoca = harbour seal, Pagophilus = harp seal, Cystophora = hooded seal, Erignathus = bearded seal). Nucleotides are the same as in Pagophilus except where indicated; the inferred amino acid sequence for Phoca is indicated by the IUPAC single-letter code.

Bio4250 homework

(1) Identify all phylogenetically informative sites in the above data set.
(2) For the three possible trees with the above data, calculate the parsimony score of each.
(3) Which species is most closely related to Pagophilus ?

Text material © 2018 by Steven M. Carr